La qualité d’un cours d’eau s’évalue selon des critères physico-chimiques (nitrates, phosphore, matière organiques…), chimiques (pesticides, métaux lourds, polluants industriels…) et biologiques (espèces, gabarit du lit…).
Sur le territoire, la qualité de l’eau est établie d’après les données de 11 stations de mesure réparties sur l’ensemble du bassin versant (5 stations pérennes et 6 stations complémentaires). Les analyses sont réalisées par trois organismes : l’Agence de l’eau, le Département et le Syndicat (voir carte ci-dessous).
Depuis plusieurs années, l'analyse des eaux des bassins versants de la Goulaine et de la Boire de la Roche (Canal des Bardets) révèle un état médiocre à mauvais.
Les paramètres déclassants sont les suivants : pesticides, nitrates, phosphore, matières organiques et oxydables, morphologie, hydrologie.
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Les eaux souterraines du territoire sont inclues dans deux périmètres : la nappe Estuaire de la Loireet la nappe Alluvions Loire Armoricaine.
La qualité chimique des eaux de la nappe alluviale est jugée bonne ; celle de la nappe estuarienne est estimée médiocre (paramètres déclassants : phosphore, pesticides et nitrates).