De façon directe et indirecte, certains usages influencent la qualité de l’eau, citons notamment :
- L’urbanisation (imperméabilisation des sols),
- L’utilisation de produits chimiques (en agriculture, pour l’entretien des espaces publics, chez les particuliers…),
- Le dysfonctionnement des systèmes d’assainissement industriels, collectifs et individuels,
- La disparition des zones humides,
- L’aménagement hydraulique des rivières (encaissement, rectification linéaire…)
- L’ensablement et le comblement de cours d'eau (due à l’érosion des sols et au ruissellement des eaux).